iOSアプリをつくるときに、AppleとEnterprise契約とStandard契約をしています。

どちらも会社名を同じにしていたら、証明書の名前が重なってキーチェーンアクセスでビルドができなくなってしまいました。
一度契約した名前なので、名前を変えることもできないでいましたが、MacOSのログイン名を変えて別々にキーチェーンで証明書を登録することで対応できました。

新旧証明書で同じ名前をつかっていて同様なトラブルが起きたときは、以下のサイトのようにキーチェーンアクセスからその都度証明書を削除しないとだめですけれど、とりあえずEnterprise契約とStandard契約の両方をしている方は少いとは思いますが、単純にログインし直すということでも対応できるようです。それまで証明書の名前を変えようと努力していたのですが、単純は方法で対応できました。

参考:iOS Developer Program、証明書ファイルに泣く
http://denshi-shoseki.seesaa.net/article/253425208.html